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科技進(jìn)展
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   結(jié)核病不僅有導(dǎo)致大量人類死亡的歷史事件,而且至今仍是危害公共健康的頑固性呼吸道傳染病。利福霉素類化合物是由地中海擬無枝酸菌產(chǎn)生的一類具有廣譜抗菌作用的抗生素,對(duì)結(jié)核桿菌、麻風(fēng)桿菌、鏈球菌、肺炎球菌等革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌,特別是耐藥性金黃色葡萄球菌具有很強(qiáng)的拮抗作用,同時(shí)對(duì)某些革蘭氏陰性細(xì)菌也有效果。由天然產(chǎn)物利福霉素SV或利福霉素B進(jìn)行化學(xué)半合成的利福平、利福噴丁、利福布丁等藥物進(jìn)入了世界衛(wèi)生組織的基礎(chǔ)藥物目錄,作為一線抗結(jié)核藥物挽救了數(shù)以萬(wàn)計(jì)結(jié)核病人的生命。自1957年首次發(fā)現(xiàn)以來,利福霉素的生物合成途徑一直是生物化學(xué)家們的研究熱點(diǎn)。盡管前期利用同位素標(biāo)記和基因敲除(敲入)等方法已闡明其生物合成途徑中的大部分環(huán)節(jié),但利福霉素SV是如何轉(zhuǎn)化為利福霉素B的這個(gè)關(guān)鍵環(huán)節(jié)卻長(zhǎng)時(shí)間困擾著科學(xué)界。

  日前,由青島能源所李盛英研究員帶領(lǐng)的酶工程研究組,與中國(guó)科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院植物生理生態(tài)研究所(上海植生所)趙國(guó)屏院士和肖友利研究組,以及中國(guó)科學(xué)院上海有機(jī)化學(xué)研究所唐功利團(tuán)隊(duì)的多名學(xué)者合作,在國(guó)際上首次闡明了利福霉素SV轉(zhuǎn)化為利福霉素B的詳細(xì)生物合成途徑及酶催化反應(yīng)機(jī)制,相關(guān)成果已在線發(fā)表于最新出版的 Nature Communications期刊上。

  基于2011年趙國(guó)屏院士研究組通過分子遺傳學(xué)方法確認(rèn)關(guān)鍵基因Rif15/16負(fù)責(zé)利福霉素SV到B轉(zhuǎn)化的體內(nèi)研究工作基礎(chǔ),本工作中研究人員成功在大腸桿菌中異源表達(dá)得到可溶性的轉(zhuǎn)酮酶Rif15和細(xì)胞色素P450單加氧酶Rif16,在體外通過酶活重建、產(chǎn)物結(jié)構(gòu)表征、13C標(biāo)記實(shí)驗(yàn)和Rif16晶體結(jié)構(gòu)解析徹底闡明了利福霉素SV轉(zhuǎn)化為利福霉素B的生物合成途徑及這兩個(gè)酶的功能和催化機(jī)制,改寫了Ghisalba等在36年前提出的“舊模型”(J. Antibiot. 35, 1982: 74-80)。研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn),利福霉素SV首先在有氧條件下可自發(fā)被氧氣化學(xué)氧化成利福霉素S,進(jìn)而在轉(zhuǎn)酮酶Rif15的作用下將2-酮糖的一個(gè)C2基團(tuán)轉(zhuǎn)移至利福霉素S上并重排生成含有C-O酯鍵結(jié)構(gòu)的利福霉素L。接著P450單加氧酶Rif16拔取利福霉素L C-39位羥基上的氫原子,形成的氧自由基進(jìn)攻臨近芳環(huán)C-4位形成五元環(huán)結(jié)構(gòu),然后再經(jīng)一系列電子重排和第二次C-1位置酚羥基上氫原子的拔取,生成不穩(wěn)定的中間體化合物利福霉素O。該化合物在電子供體NADPH存在條件下,迅速被水解還原形成穩(wěn)定的終產(chǎn)物利福霉素B。在此過程中,轉(zhuǎn)酮酶Rif15表觀上催化一個(gè)獨(dú)特的C-O成鍵反應(yīng)(通過常規(guī)的C-C成鍵和非常規(guī)重排形成);而P450單加氧酶Rif16則通過一個(gè)五元環(huán)的介導(dǎo),成功實(shí)現(xiàn)了一種十分罕見的“酯醚轉(zhuǎn)化”反應(yīng)。這兩個(gè)全新催化機(jī)制的發(fā)現(xiàn),進(jìn)一步拓寬了轉(zhuǎn)酮酶和P450單加氧酶這兩種常見生物催化劑的催化反應(yīng)類型,加深了領(lǐng)域內(nèi)對(duì)這兩種酶的認(rèn)識(shí)。該項(xiàng)研究的成功還將為進(jìn)一步利用合成生物學(xué)方法有效進(jìn)行新型利福霉素發(fā)現(xiàn)和工業(yè)菌種改造,進(jìn)一步提升利福霉素的產(chǎn)量提供全新的理論依據(jù)。

  青島能源所助理研究員齊飛飛和上海植生所雷超博士為本論文的共同第一作者。李盛英研究員和肖友利研究員為論文的共同通訊作者。該研究獲得了山東省合成生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、山東省自然科學(xué)基金重大基礎(chǔ)研究計(jì)劃、中國(guó)科學(xué)院前沿重點(diǎn)研究項(xiàng)目和大科學(xué)計(jì)劃培育項(xiàng)目、國(guó)家自然科學(xué)基金以及上海市科學(xué)技術(shù)委員會(huì)基金的支持。(文/齊飛飛 李盛英 肖友利 圖/齊飛飛 李盛英)

  文章鏈接:https://www.nature.com/articles/s41467-018-04772-x

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